Chargé de recherche classe normale CNRS
Equipe B-NATION
Ma thématique de recherche se focalise sur le rôle des régions régulatrice du locus IgH (3’RR et Eµ-MAR) sur l’organisation 3D du noyaux et sur le maintien de l’intégrité du génome du lymphocyte B.
Bureau 107 CBRS
05 19 56 42 04
Recherche
Ma thématique de recherche est focalisée sur l’étude de la régulation des gènes des immunoglobulines dans un contexte physiologique chez l’animal (modèles murins KO et KI). Les gènes d’Immunoglobulines (IgH et IgL) subissent des remaniements géniques au cours du développement du lymphocytes B. Ces remaniements (hypermutation somatique et recombinaison de classe) sont régulés pour des éléments régulateurs présents sur les locus IgH (3’RR et Eµ-Mar) et sur le locus Igk (3’Eik). Mon projet a pour objectif de décortiquer le rôle de ces régions régulatrices sur l’organisation nucléaire et sur le maintien de l’intégrité génomique de lymphocytes B.
Encadrement
Doctorants
Mme Charlotte Bruzeau, Université de Limoges.
Sujet : Influence des régions régulatrices du gène des chaines lourdes d’immunoglobulines (IgH) sur les interactions géniques entre le gène IgH et le reste du génome.
Thèse co-encadrée avec Dr Eric Pinaud, DR CNRS, HDR.
Mme Morgane Thomas, Université de Limoges.
Sujet : Organisation et intégrité du génome des cellules B et protéines de la matrice nucléaires.
Thèse co-encadrée avec Dr Eric Pinaud, DR CNRS, HDR.
Mme Ophélie Martin, Université de Limoges.
Sujet : Hypermutation somatique des cellules B normales et pathologiques : éléments cis régulateurs et facteurs nucléaires impliqués
Thèse co-encadrée avec Dr Eric Pinaud.
Soutenue en Octobre 2018
Stagiaires de M2R
Mme Ophélie Martin, Université de Poitiers. 12 semaines en 2015
Sujet : Influence des régions régulatrices MAREµ du locus IgH sur la position des gènes cibles d’AID « off targets » dans les cellules B du centre germinatif.
Stage co-encadré avec Dr Eric Pinaud, CR1 CNRS, HDR.
Stagiaires de M1 et école d’ingénieur
M Loris Verron, ENSTBB Bordeaux. 8 semaines en 2018
Sujet : Influence des régions régulatrices Eμ et 3’RR du locus chaînes lourdes d’immunoglobulines (IgH) sur le maintien de l’organisation du génome du lymhocytes B
Mme Valentine Audonnet. ENSTBB Bordeaux. 8 semaines en 2017
Sujet : Étude de l’hypermutation somatique des gènes des chaînes lourdes d’immunoglobulines dans des modèles murins déficients pour la région régulatrice 3’RR.
M Christopher Maucourant, Université de Paris 6 – UPMC. 8 semaines en 2015
Sujet : Etude du rôle de la région régulatrice 3’RR du locus des chaînes lourdes d’immunoglobuline par un modèle murin présentant le remplacement de la 3’RR par une micro 3’RR.
Mme Marine Faïsse, Université de Limoges. 13 semaines en 2014
Sujet : Mise au point d’une procédure de calcul de distances entre objets cellulaires après reconstitution d’images en 3 dimensions.
M Julian Tronc, Université de Limoges. 8 semaines en 2013
Sujet : Analyse du positionnement nucléaire du locus IgH et/ou sa colocalisation à l’hétérochromatine par une méthode de FISH 3D sur des cellules B murines.
Stagiaires de Licence et BTS
Mme Pauline Dupaquier, Université de Poitiers. Stagiaire de L3. 8 semaines en 2016
Sujet : Rôle des différents éléments activateurs composant la région régulatrice en 3’ du locus IgH dans les lymphocytes B sur le positionnement subnucléaire.
Mme Audrey Arquilliere, Université de Limoges. Stage de découverte de L2. 5 semaines en 2015.
Mme Lucie Le Roux, Université de Limoges. Stage de découverte de L2. 8 semaines en 2015.
Mme Ludivine Fini, Legta, Melle. Stagiaire de 1ère année de BTS 12 semaines en 2014
Sujet : Etude par FISH 3D du positionnement nucléaire du locus IgH dans des cellules B murines sauvages et mutantes.
Mme Charlène Fournier, BTSA ANABIOTEC, La Roque. Stagiaire de 1ère année de BTS 12 semaines en 2013.
Sujet : Standardisation de la méthode d’Immuno-FISH 3D sur des cellules B murines.
Parcours
Depuis octobre 2017 : Chargé de recherche CNRS CRCN (Section 27). Université de Limoges, UMR CNRS 7276, INSERM U1262. Contrôle de la Réponse Immune et des Lymphoproliférations (CRIBL). Equipe du Pr Cogné M.
2012-2017 : post doctorat Université de Limoges, CNRS UMR 7276 Contrôle de la Réponse Immune et des Lymphoproliférations (CRIBL). Equipe du Pr Cogné M.
Sujet: Rôle des régions régulatrices du locus des chaines lourdes d’immunoglobulines (3’RR et MAR) sur les événements de recombinaisons légitimes et illégitimes (hypermutation somatique, recombinaison de classe et translocation) ainsi que sur la localisation subnucléaire des loci d’immunoglobulines
2012: Doctorat en Biologie. Biologie des cellules sanguines. Université Paris7 Diderot – Mention très honorable.
Sujet: Analyse de la régulation des réarrangements précoces du TCR dans la thymopoïèse normale et les anomalies oncogéniques associées dans les leucémies aiguës lymphoblastiques T (LAL-T)
Compétences
Biologie moléculaire: Extraction d’ADN et d’ARN, PCR, RT/RQ-PCR, LM-PCR, clonage/construction plasmidique, séquençage (Sanger et haut débit), 3C/4C (Chromatin Conformation Capture), LAM-HTGTS, RNA-SEQ
Biologie cellulaire: Culture cellulaire (lignées cellulaires et cellules primaires murines), infection lentivirale, transfection de cellules ES, Co-culture, tri de sous populations cellulaires (ARIA III), système CRISPR/cas 9
Microscopie: Fluorescence In Situ Hybridation (FISH 2D et FISH 3D) et traitement des images, marquage IF
Expérimentation animale: Niveau concepteur de projets
Publications représentatives
Le Noir S, Boyer F, Lecardeur S, Brousse M, Oruc Z, Cook-Moreau J, Denizot Y, Cogné M
Functional anatomy of the immunoglobulin heavy chain 3’ super-enhancer needs not only core enhancer elements but also their unique DNA context
Nucleic Acid Research. 2017 Mar 22.
Le Noir S*, Laffleur B*, Carrion C, Lecardeur C, Garot A, Pinaud E, Denizot Y, Skok J, Cogné M.
The IgH locus 3’ cis-regulatory super-enhancer co-opts AID for allelic transvection
Oncotarget. 2017 Feb 21;8(8):12929-12940.
Laffleur B, Dalloul Z, Dalloul I, Le Noir S, Cogné M.
When immunoglobulin genes assemble with bricks from other chromosomes.
Med Sci 2016 8-9;32(8-9):677-80.
Garot A, Marquet M, Saintamand A, Bender S, Le Noir S, Rouaud P, Carrion C, Oruc Z, Bébin AG , Moreau J, Lebrigand K, Denizot Y , Alt FW, Cogné M, Pinaud E
Sequential activation and Distinct functions for Distal and Proximal modules within the IgH 3’RR region
PNAS. 2016 Feb 9;113(6):1618-23.
Bonaud A*, Lechouane F*, Le Noir S*, Monestier O, Cogné M, Sirac C
Efficient AID targeting of switch regions is not sufficient for optimal class switch recombination
Nature Communication. 2015 Jul 6;6:7613.
Diffusion de la culture scientifique
Depuis 2014: Co-Coordinatrice et animatrice d’un atelier immuno-ludique itinérant dans les écoles du Limousin
Description: Atelier présenté 10 fois dans l’année dans les 3 départements du Limousin dans des écoles de zones rurales, n’ayant pas un accès facile à la science.
Cible: Elèves de 3ème cycle (CE2, CM1 et CM2).
Financements: Sciences à l’école : Promotion de la culture scientifique dans les établissements scolaires. CNRS, INSERM. Fondation partenariale de l’université de Limoges.
Depuis 2014: Atelier scientifiques de récréasciences-
Animation d’un atelier immuno-ludique lors des mercredis de récréasciences CCSTI Limousin
http://www.recreasciences.com/site/index.php?option=com_content&view=article&id=219&Itemid=175
Depuis 2014: Nuit européennes des chercheurs.
Depuis 2013: Fête de la science.