Contrat doctoral 2015 – Sujet en Afrique Centrale et de l’Ouest

Toxoplasma gondii est un protozoaire largement réparti dans le monde. Le quart de la population mondiale est considéré comme infecté, avec des conséquences cliniques très variables. La toxoplasmose est habituellement une infection bénigne chez l’homme immunocompétent, même si des formes graves ou des atteintes oculaires ont été décrites. Chez les personnes immunodéprimées (SIDA, traitement immunodépresseur) et après transmission congénitale, les atteintes toxoplasmiques peuvent être sévères, voire mortelles. La transmission à l’homme se fait par consommation de viande infectée de n’importe quelle espèce homéotherme (mammifères et oiseaux) ou par ingestion des stades parasitaires (oocystes) présents dans l’environnement souillé par les fèces de félidés sauvages ou domestiques. L’épidémiologie de ce parasite est complexe puisqu’elle doit prendre en compte le comportement des diverses espèces de félidés (hôtes définitifs) et celui d’une grande variété d’espèces animales (hôtes intermédiaires) dont l’infection se fait via la prédation ou le charrognage, ou via un environnement souillé (eau, végétaux, sols). Cette complexité et la diversité des situations en fonction des environnements est source de la structure génétique des populations du toxoplasme associant des populations clonales et des haplogroupes témoins de recombinaisons génétiques. La distribution des haplogroupes est étroitement dépendante de la géographie. Des haplogroupes différents sont observés en Europe, en Amérique du Sud, en Asie ou en Afrique. Alors qu’il existe une très grande homogénéité génétique des souches de toxoplasme circulant en Europe, les isolats provenant d’Amérique du Sud sont particulièrement divers (génotypes atypiques) et à l’origine de cas sévères de toxoplasmose. En parallèle, chez l’homme, de plus en plus d’études font état de relations entre le génotype infectant et les manifestations cliniques. Ceci, joint aux variations géographiques dans la distribution des génotypes, amène à une nouvelle description de la toxoplasmose à travers le monde.

Les raisons de cette distribution géographique et de son maintien restent largement inconnues. L’environnement et le rôle de l’homme semblent être des facteurs clés de la diversification de ce parasite, comme l’ont démontré les travaux de l’équipe en Guyane française mettant en évidence pour des régions tropicales l’existence de structures spatiales et génétiques du toxoplasme reflétant des populations environnementales « anthropisée » et « sauvage ». Ces travaux ont aussi montré la possibilité à une échelle locale (à quelques km de distance) d’interpénétrations environnementales de souches issues des cycles sauvage et domestique avec des risques potentiels pour la santé humaine. Cette possibilité d’introgression de souches d’un environnement à un autre pourrait-elle exister à une échelle intercontinentale conduisant à l’apparition de nouveaux génotypes dans ces zones d’échanges ?

Nous proposons ici d’étudier la diversité génétique du toxoplasme dans deux régions du globe : la France et l’Afrique de l’Ouest et Centrale qui possèdent toutes deux une longue histoire marchande commune, depuis le commerce triangulaire jusqu’à nos jours. Nous nous focaliserons sur les zones portuaires des pays d’étude avec l’hypothèse selon laquelle dans les régions proches de la côte, il y aurait une interférence possible avec les génotypes européens et africains du fait des échanges commerciaux et des animaux vivants (rongeurs et animaux de rentes) débarqués des bateaux depuis les siècles derniers.

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Expérience souhaitée/profil

Le ou la candidat(e) doit avoir suivi un cursus universitaire dans les sciences de la vie (ex : biologie des organismes), avoir de bonne connaissances en génétique des populations et plus largement en écologie. Des compétences en épidémiologie, parasitologie, biologie moléculaire seraient également appréciées. Il ou elle doit avoir un niveau d’anglais correct et posséder un intérêt particulier pour le milieu tropical, le travail de terrain et une curiosité pour la zoologie (comportement animal, diversité des espèces).