Th̬se soutenue РAur̩lien MERCIER

La toxoplasmose est une zoonose due au protozoaire Toxoplasma gondii largement réparti dans le monde. La zone tropicale humide présente des caractéristiques propices à sa circulation, pourtant elle reste peu étudiée vis-à-vis de ce parasite. Nous avons réalisé deux études de terrain afin de préciser la circulation et la diversité du toxoplasme dans cet environnement tropical humide : (i) au Gabon en milieu urbain et rural, avec différentes approches telles que la séroprévalence de la toxoplasmose humaine et animale analysée à l’aide des SIG et d’analyse multivariée, mais aussi l’étude de la diversité génétique et de la structure des populations du toxoplasme et (ii) en Guyane Française avec la caractérisation et la comparaison génétique des souches circulant dans le cycle « sauvage » et le cycle « domestique » du toxoplasme. Dans ces deux études l’analyse de la structure des populations a été réalisée à l’aide d’arbres de distance (Neighbor-joining), de l’étude des FST et du déséquilibre de liaison, de modèle statistique Bayésien (STRUCTURE) et de méthodes multivariées (DAPC) intégrant pour certaines des informations spatiales (sPCA). Au Gabon, la séroprévalence animale et humaine retrouvée est élevée en milieu urbain et rural, avec un risque tellurique prépondérant en relation avec le niveau d’hygiène et les conditions climatiques. Les 69 isolats obtenus ont été caractérisés génétiquement et phénotypiquement au travers de la virulence chez la souris à l’isolement. Outre le Type III que l’on retrouve partout dans le monde, deux principaux haplogroupes ont été caractérisés et proposés comme nouveaux haplogroupes d’importance pour T. gondii en Afrique. Un lien avec les souches circulant en Amérique Centrale et du Sud a été mis en évidence. L’analyse de la structure de la population montre une circulation accrue du parasite entre les principales villes du pays en relation avec les activités humaines. En Guyane Française, les 33 nouveaux isolats obtenus principalement de la faune péri domestique ont été comparés à 18 souches déjà publiées provenant essentiellement de l’environnement sauvage. La population sauvage était la plus diversifiée. En plus d’une structuration spatiale et génétique en deux populations reflétant les deux populations environnementales, « anthropisée » et « sauvage », une sous structuration génétique a été trouvée, confirmée pour certains groupes par des traits phénotypiques distincts (virulence chez la souris). Ces résultats suggèrent aussi l’existence d‟interpénétration entre les cycles sauvage et domestique avec des risques potentiels pour la santé humaine.

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Mots clés :Afrique, Amérique latine, toxoplasmose, épidémiologie, toxoplasma gondii, génotypes, Guyane française, zone tropicale, Gabon