Le Comité de Pilotage évalue la politique générale du LABEX et valide le budget et les orientations scientifiques/valorisation choisies.

Le comité de pilotage se réunit tous les deux mois environ. Il est composé du Comité de Direction, de 2 responsables de chaque flagships, des responsables des axes de recherche des laboratoires XLIM et IRCER et des responsables des 3 plateformes : PLATINOM, PREMISS (XLIM) et CARMALIM (IRCER).