Séquençage du génome entier et intelligence artificielle pour caractériser et diagnostiquer la résistance aux antibiotiques et la capacité d’échapper au traitement (Seq2DiAg)

• Personne référente au sein de l’unité : Olivier Barraud
• Date de début du projet : 01/06/2021
• Date de fin du projet : 31/05/2026
• Plus d’infos : anr.fr/ProjetIA-20-PAMR-0010

La détermination in vitro de la résistance d’une bactérie à un antibiotique est essentielle pour optimiser le traitement d’une infection. Le séquençage de son génome est une alternative prometteuse en diagnostic clinique. Les objectifs du projet sont, pour trois espèces pathogènes majeures, Escherichia coli (Ec), Klebsiella pneumoniae (Kp) et Pseudomonas aeruginosa (Pa), (i) d’établir des stratégies innovantes combinant intelligence artificielle et connaissance approfondie des mécanismes de résistance pour prédire la résistance aux antibiotiques, (ii) de caractériser de nouveaux mécanismes de résistance et (iii) d’établir une preuve de concept de l’utilisation du séquençage génomique comme outil de diagnostic.